本會成立於1961年2月26日。歷屆的理事長為:
  第一至六屆(1961~1978)魏炳炎教授,
  第七、八屆(1978~1984)徐千田教授,
  第九、十屆(1984~1990)李鎡堯教授,
  第十一屆(1990~1993)由吳香達和陳皙堯教授先後擔任,
  第十二屆(1993~1995)張昇平教授,
  第十三屆(1996~1998)黃思誠教授,
  第十四屆(1998~2000)蔡明賢教授,
  第十五屆(2000~2002)蘇聰賢教授,
  第十六屆(2002~2004)李茂盛教授,
  第十七屆(2004~2007)楊友仕教授,
  第十八屆(2007~2010)蔡鴻德教授,
  第十九屆(2010~2013)謝卿宏醫師,
  第二十屆(2013~2016)何弘能醫師,
  第二十一屆(2016~2019)郭宗正教授。

  會員人數由第一屆的207人逐年成長,至今已逾2600人。由於會員人數眾多,由十三屆開始將會員制改為會員代表制,目前第二十一屆共有會員代表173人。

  會員代表大會推選出35名理事及11名監事組成理、監事會,下轄學術研究委員會、國際事務委員會、國際學術交流委員會、醫院評鑑暨人力規畫委員會、健保醫政委員會、繼續教育委員會、雜誌編輯委員會、會訊編輯委員會、醫療法制暨醫療糾紛委員會、公關委員會、財政委員會、婦女健康對策委員會、康樂福利委員會、醫療發展委員會、倫理紀律委員會、專科醫師甄審委員會、醫療政策暨資訊委員會、產科品質提升委員會、子宮頸癌防治委員會、五十年工作小組等20個委員會,以分層協助處理會務。

  本會於創立之初即籌劃發行學術性會刊雜誌,由1962年之第1卷至2016年已進入第55卷,在台灣之學術界應屬於相當有歷史及份量之醫學雜誌。本會刊雜誌原每年定期出版四期,自2015年起改為雙月刊。由於內容豐富且具有相當高之水準,曾獲內政部頒獎表揚為優良刊物,目前亦為SCIE期刊。除了醫學雜誌以外,本會另有發行會訊,刊載各項會務及理、監事會、各委員會之會議決議及執行情形,讓會員能隨時了解學會的動態,並可做雙向之溝通。

  2011年學會50週年慶,我們籌劃出版紀念冊,在準備相關文物時,驚覺婦產科文物大量且迅速流失,所有編輯委員為此憂心不已。第十九屆理事會與第十九屆會員代表大會決定闢建醫學會博物館,已於102年10月13日正式啟用,將婦產科歷代良醫的行醫傳奇、使用過的器材及值得紀念的文獻、有形和無形的文化遺產、以及婦產科醫學發展留下的軌跡,保留珍藏、永續維護,世世代代流傳。

  時代的巨輪轆轆前行,我們這一代的婦產科醫師,每天細心過著自己的日子,埋首琢磨本業的精進,年光幾十,倏忽而逝,猛然抬頭,我們記憶中的婦產科前輩風範已模糊;驀然回首,我們一生的奮鬥事蹟亦將輕易地被下一代遺忘。而那些曾經盛行一時,救人無數的醫療器材,隨著時間推移,竟淪為破銅爛鐵,遭人隨意丟棄,散佚無踪。

  我們深切體認,醫學進步,一日千里,大家都說要向前看,但知古鑑今,有了博物館,透過典藏、研究、展示和教育,努力保有完整的婦產科歷史文物,也正是提昇婦女健康照護品質的一環。創新與歷史教育並行不悖,藉由探索博物館館藏,追求靈感、學習、享受,孕育一代又一代文武雙全,醫學與倫理並重的婦產科醫師。

在本會過去的輝煌歷史裏,有幾件較重大的事情值得一提:
  1. 理監事任期由早期的三年一任且連選得連任逐漸改為三年一任並不得連任,再到二年一任並只能連任一次。2004年時則又改為三年一任且只能連任一次。
  2. 會員制於1996年6月2日修改為會員代表制。
  3. 本會英文名稱於1999年4月11日第十四屆第二次會員代表大會中正式通過,由「The Association of Obstetrics and Gynecology of the Republic of China on Taiwan」改為「Taiwan Association of Obstetrics and Gynecology」(TAOG),並向AOFOG及FIGO正名。
  4. 本會中文名稱於2002年7月21日第十六屆第一次會員代表大會中正式通過,由「中華民國婦產科醫學會」改名為「台灣婦產科醫學會」,並報內政部核准。
  5. 1989年12月3日至8日由本會籌辦第12屆亞太婦產科醫學會議 (AOCOG),是一個相當成功之國際性醫學會議。當時的籌辦會議主席為李鎡堯教授,祕書長為前馬偕醫院藍中基院長。
  6. 2004年9月11日至12日為配合亞太婦產科醫學會(AOFOG) COUNCIL MEETING在台召開,本會擴大舉辦 International Symposium for Advanced Obstetrics and Gynecology 2004。
  7. 2009年爭取到FIGO常務理事國。
  8. 2011年9月23日至27日,舉辦第22屆亞太婦產科醫學會年會(AOCOG),大會主席為楊友仕教授,祕書長為本會時任理事長謝卿宏醫師。楊友仕教授並在此次會議中,當選為亞太婦產科醫學會理事長,為本會有史以來參與國際組織之最高層級。
  9. 2013年10月謝卿宏理事長任內建立「台灣婦產科醫學會博物館」。