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本會成立於1961年2月26日。歷屆的理事長為：
第一至六屆（1961∼1978）魏炳炎教授，
第七、八屆（1978∼1984）徐千田教授，
第九、十屆（1984∼1990）李鎡堯教授，
第十一屆（1990∼1993）由吳香達和陳皙堯教授先後擔任，
第十二屆（1993∼1995）張昇平教授，
第十三屆（1996∼1998）黃思誠教授，
第十四屆（1998∼2000）蔡明賢教授，
第十五屆（2000∼2002）蘇聰賢教授，
第十六屆（2002∼2004）李茂盛教授，
第十七屆（2004∼2007）楊友仕教授，
第十八屆（2007∼2010）蔡鴻德教授。
會員人數由第一屆的207人逐年成長，至今已逾2500人。由於會員人數眾多，由十三屆開始將會員制改為會員代表制，目前共有會員代表166人。
會員代表大會推選出35名理事及11名監事組成理、監事會，下轄專科醫師甄審、學術研究、繼續教育、健保醫政暨總額預算對策、醫院評鑑、財政、雜誌編輯、會訊編輯、國際事務、醫療法制暨醫療糾紛、康樂福利、婦女健康對策、倫理紀律、婦產科人力規畫暨人口政策委員會、公關、國際學術交流、醫療發展委員會、五十年工作小組等17個委員會，以分層協助處理會務。
本會於創立之初即籌劃發行學術性會刊雜誌，由1962年之第1卷至2008年已進入第47卷，在台灣之學術界應屬於相當有歷史及份量之醫學雜誌。本會刊雜誌每年定期出版四期，由於內容豐富且具有相當高之水準，曾獲內政部頒獎表揚為優良刊物。除了醫學雜誌以外，本會另有發行會訊，刊載各項會務及理、監事會、各委員會之會議決議及執行情形，讓會員能隨時了解學會的動態，並可做雙向之溝通。
在本會過去的輝煌歷史裏，有幾件較重大的事情值得一提：
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1、
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理監事任期由早期的三年一任且連選得連任逐漸改為三年一任並不得連任，再到二年一任並只能連任一次。2004年時則又改為三年一任且只能連任一次。
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2、
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會員制於1996年6月2日修改為會員代表制。
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3、
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1989年12月3日至8日由本會籌辦第12屆亞太婦產科醫學會議 (ⅩⅡ Asian- Oceanic
Congresson Obstetrics and Gynecology)，是一個相當成 功之國際性醫學會議。當時的籌辦會議主席為李鎡堯教授，祕書長為前馬偕醫院藍中基院長。
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4、
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2004年9月11日至12日為配合亞太婦產科醫學會（AOFOG） COUNCIL MEETING在台召開，本會擴大舉辦
International Symposium for Advanced Obstetrics and Gynecology
2004。 |
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5、
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本會中文名稱於2002年7月21日第十六屆第一次會員代表大會中正式通過改名為「台灣婦產科醫學會」，並報內政部核准。
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